Инквизиција је у XVI вијеку достигла свој врхунац и готово неометано дјеловала све до Наполеонових похода на Шпанију. Казне су временом бивале све блаже и није се придавала претјерана пажња помпезним церемонијама попут auto da fe, због којих је, штавише, инквизиција била исмијавана широм Европе.

Када је Наполеон забранио шпанској краљевској породици повратак на пријесто, нови краљ, његов брат Јосиф Бонапарта, морао је положити заклетву да ће католичанство бити једина истинска вјера у Шпанији. Нови краљ није се хтио замјерити инквизиторима те је одржавао дипломатске односе са њима, али када је 1808. Наполеон ушао у Мадрид, без размишљања је распустио Супрему и трибунале инквизиције.

На незапосједнутом југу Шпаније 1812. састао се cortes (заступништво сталежа) и Фердинада VII прогласио за легитимног краља Шпаније. Тада је разматрано и питање инквизиције и одлучено је да се укине, јер је користила застарјеле методе, а том приликом проглашена је и слобода штампе. Странка клерика се никако није слагала са новом одлуком. Укидање инквизиције изазвало је негодовање вјерника, јер су сматрали да је cortes издао вјеру. Исти ти које је вјековима угњетавала, устали су против њеног укидања.

1813. биран је нови cortes у којем је, уз потпору краља, доминирала клерикална странка. Убрзо су шпанске и енглеске трупе протјерале Французе и краљ је, по уласку у Мадрид, прогласио претходне одлуке ништавним па тако и укидање инквизиције.

Нови апсолутизам Фердинанда VII проузроковао је револуцију 1820. и догађај који се може поредити са заузећем Бастиље, те је краљ био приморан да на снагу врати устав донијет 1812. што је значило поновно укидање инквизиције. Посљедња пресуда трибунала инквизиције је од 10. фебруара 1820. у Толеду. Свештенство је било бијесно, али сложно. Одједном су се нашли под истим законима као и остали, што им је било неприхватљиво. Чак су и порез морали редовно да плаћају. С тога су позвали Француску, Аустрију и Русију да им помогну у борби против невјерника. Али Фердинанд им се на вријеме приклонио и поново дошао до апсолутне власти. Оглушио се на молбе бискупа и одлучно одбио да поново уведе инквизицију.

Независно од одлуке краља, у неколико градова формирани су juntas de fe (тајни вјерски судови). Посљедња жртва ових судова био је један учитељ који се изјаснио за деизам, те је објешен, а краљ је тада забранио њихов рад.

Коначан крај инквизиције у Шпанији догодио се 1834, годину дана након смрти Фердинада VII, када је државни суд у име малољетне принцезе Изабеле, распустио инквизицију и наредио да се њена имовина искористи за исплату државних дугова.