Шпанија је одувијек била једно од вјерски најчистијих подручја, у свему дослиједна идеалим католичанства. Такав епитет задржала је и до данас. Шпанац је био и јесте католик и готово да не нагиње јереси. Сходно томе, процеси који су вођени били су углавном уперени против страних избјеглица, који су се склањали у Шпанију гоњени папском војском.

Краљ Алфонс II Арагонски је 1192. године издао едикт против јеретика, први у западном дијелу Европе. Сматрао их је за непријатење државе којима у Шпанији није мјесто. Његов насљедик Педро II је, пет година послије, додао том закону одредбу о спаљивању на ломачи. Трудећи се да спријечи доток кривих учења, Јаков I је 1226. забранио свима оптуженим за јерес да ступе на тло Шпаније.

1232. папа Гргур IX издао је булу којом је успоставио папску инквизицију у Арагону. Поред доминиканаца и фрањеваца, у процесима су учествовали бискупи и краљевски чиновници, тако да се овдје могу уочити прве назнаке шпанске државне инквизиције.

При оснивању, инквизиција у Шпанији није била ефикасна и претјерано вољна за рад, а инквизиторски трибунали налазили су се само у неколико градова. Занимљив је случај да када су пронађени неки јеретици у Валенсији, инквизитори нису знали шта ће са њима. Обратили су се папи Гргуру IX за помоћ, а он им је наредио да јеретике измире са црквом, будући да су се покајали. Тако је и било.

Убрзо је папа Урбан IV искључио фрањевце из инквизиторских процеса, а вођство препустио доминиканцима. Доминиканци су мисионарећи створили јак покрет против Арабљана и Јевреја, тако да су многи од њих били принуђени да приме католичанство. Од неефикасних трибунала, развили су једану од најоранизованијих и најмарљивијих институција.

Поједине покрајине, попут Кастиље и Леона, биле су поштеђене суморних инквизитора. Познато је да су краљеви Кастиље и без утицаја Рима чували вјерску чистоћу својих поданика. То је била једина католичка краљевина Европе која није слала новац у Рим, у којој се на канонско право није обраћала пажња, и у којој папским булама није придавана велика важност.

Иако су били велики католици, краљеви Шпаније су на папску инквизицију гледали као на покушај Рима да се мјеша у њихову политику, што свакако нису жељели. Због тога је 1325. Cortes (заступништво сталежа), уз краљеву сагласност, укинуо инквизицију уведену од папе. Међутим, та одлука је ускоро заборављена.

Тек са доласком на власт Изабеле и Фердинанда, инквизиција ће у Шпанији узети велики замах и са правом заслужити све негативне конотације које лебде око ње. Са то двоје владара, почело је ново раздобље у историји католичанства, у којој се инквизиција показала у свој својој величини.

* * *

Ни Западним Готима није успјело да преобрате све Јевреје у земљи у католичанство. 694. сабор у Толеду за њих је одредио оштре мјере, попут конфискације имовине, или чак и смрти. Међутим, можда због страха од Арапа који су све више навирали, краљеви у давали Јеврејима одређена права и повластице. Али мржња коју су хришћани осјећали према њима, према потомцима убица Исусових, није никада престала. Чим се стање нормализовало, прогони Јевреја опет су почели. Неки су убијени, а многи су покрштени. Ти преобраћеници (conversos) ступали су у угледне племићке породице и временом се уздигли до значајних позиција (кардинали, бискупи, савјетници...).

* * *

Још 1434. Базелски сабор дао је шпанском бискупу Алфонсу де Санта Марији власт да позове и казни све преобраћенике који су се и даље придржавали жидовских обичаја. Алваро де Луна, непопуларни духовник и миљеник краља Хуана II, међу првима је покушао да покрене те процесе. У томе је дјелимично успио јер је од папе Николе V добио низ инквизиторских овлаштења, кој није био у прилици да искористи, јер је убрзо убијен. Међутим, овлаштења која је Луна добио, нису никога штедјела, па чак ни бискупе. Тако је уведен сасвим нови облик папске инквизиције који није прогањао јеретике, већ хришћане преобраћенике који су се још увијек држали старих обичаја. Али слаби Хуан II није чинио готово ништа да би извршио пресуде овога суда. Убиство Луне, који је добио огромна овлаштења, распламсало је мржњу против Јевреја и преобраћеника, јер се знало да су га убили непријатељи, против којих су процеси углавном и били уперени.

1474. године на пријесто Кастиље ступила је краљица Изабела, заједно са супругом Фердинанд II, који је пет година послије, 1479, наслиједио краљевину Арагон. Ово двоје владара основало је нову Шпанију, коју су подигли на ниво европске велике силе. Још прије ступања на пријесто Изабела се заклела да ће, уколико постан краљица, искоријенити свако кривовјерство и безвјерје у свом краљевству. Била је јако побожна и под великим утицајем свог исповједника, доминиканца Томаса де Торквемаде, који ће касније са разлогом понијети надимак Црна Легенда. Заједно са супругом, који је мислио једино на увећање своје моћи, приморавала је Мауре и Жидове да приме католичку вјеру, а уз папин благослов основали су нову инквизицију, која им је донијела и титулу католичких краљева.

Невидљив, али неизбјежан, иза њих је стојао силни редовник Торквемада, који се заједно са краљевским паром уздигао до висина моћи. Био је краљичин исповједник још док је била инфанта, и мрзио је Јевреје, можда због тога што је и сам имао јеврејске крви у себи. Краљица и он дјелили су опсесију да збришу јерес. Што се Торквемаде тицало, прави јеретици били су преобраћеници за које се сумњало да су искрено одани католичкој вјери. Његова идеја била је једноставна: јединство и чистота католичке вјере код свих становника Шпаније. Сматао је да је изнад свих дужности Бог краљевима поставио дужност да приведу невјерне Цркви и да сачувају вјерне од безбожништва. Да би то испунили, Торквемада је сматрао да је неопходно увести нову папску инквизицију, и у то је убјеђивао владаре. Постигао је да 1478. године његов брат Дијего и бискуп од Осме оду у Рим, да би наговорили папу да оснује нову инквизицију у Шпанији. Папа Сикст IV се, наравно, није двоумио, иако су постојале одређене несугласице између Фердинанда и њега. Наиме, Фердинанд је хтио да инквизицију држи под својим окриљем, а папи је давао једино право да процесе воде редовници, али не и право именовања надинквизитора. Осим тога, за Фердинанда је било јако важно да приходи од конфисковане имовине иду у краљевску благајну, а не курији. На крају је издржао у својим захтјевима, обавезујући се да ће издржавати инквизиционе судове од конфискованих прихода. Након двије године, 1480, именовао је папа прве инквизиторе: доминиканце Мигела де Мориља и Хуана де Сан Мартина. Тако је устоличен трибунал у Севиљи. У указу Фердинанда и Изабеле, којим се уводи инквизиција, каже се:

Ја краљ, Ја краљица. Познато вам је како наш свети отац жели да сузбије свеопште зло, које влада у нашим државама због јереси, и да је издао буле и бреве за увођење инквизиције у тим нашим државама. На основу тих була приступили смо у нашим државама уређељу инквизиције против јереси.

1482. папа је дозволио постављање још седморице доминиканаца за инквизиторе. Торквемада се нашао међу том седморицом, иако је до тада био и више него задовољан својим моћним мјестом иза пријестола.

Трибунали инквизиције оснивали су се и у осталим градовима, а најрадије су се бавили богаташима од којих су имали велике добити при конфискацији имовине. Од 1483. сви појединачни трибунали подређени су врховном ауторитету, названом Concejo de la Suprema y General Inguisicion (Врховни савјет свете инквизиције). Да би управљао овим савјетом, створена је La Suprema, тј. канцеларија врховног инквизитора. Први врховни инквизитор, управник Савјета, био је Томас де Торквемада. Под његовом управом, створена је густа мрежа трибунала, који су били подређени Супреми, која је вијековима функционисала боље од иједне друге власти у Шпанији. Нова шпанска инквизиција битно се разликовала од старе папске. Она је од почетка била држава у држави, одговорна само Богу и себи, јер је Рим био далеко, а краљеви су ријетко када имали жељу да се уплићу у послове Свете службе.

Од тада је на згради инквизиције у Севиљи стајао сљедећи натпис:

Света инквизиција против јеретичког зла у шпанској краљевини постављна је у Севиљи 1481, када је на апостолском пријестолу сједио Сикст IV, који ју је дозволио, и када су у Шпанији владали Фердинанд и Изабела, од којих је измољена. Први врховни инквизитор био је брат Томас де Торквемада из доминиканског реда. Дај, Боже, да инквизиција за заштиту и снажење вјере траје до краја свијета.

Врховни инквизитор Торквемада није према себи и својим сарадницима био ништа мање окрутан него према осталима. Подвргавао се самомучењу, никада није јео месо, живио је у сталном страху од атентата, што је било и оправдано. Нико га никада није видио у другом одијелу осим у свештеничком, и то готово увијек у уредној црној доминиканској одори. Одлучно је одбио чин надбискупа, а позната је и прича да је са собом носио рог једнорога, јер је вјеровао да ће га заштитити од отрова. Од конфискованих имања тражио је дио за себе, који би уложио у изградњу манастира. Чак је и својој сестри ускратио удају и присилио је да постане редовница. Личну гарду су му чинили двјеста и педесет војника и још педесет коњаника, који су га пратили при путовањима.

Торквемада је од шпанске инквизиције направи господара земље, што је она и остала у наредна три вијека. Ниједан великан, па чак ни краљ, није био сигуран од ње, па чак је и једног папу оптужила за јерес. Међутим, оно што је Торквемада силно желио је да под своју надлежност стави и суђење бискупима, али папа Иноћентије III је то одлучно одбио. Једино право које је признао врховном инквизитору, било је право да акта која се односе на бискупе оптужене за јерес, под печатом пошаље у Рим, гдје ће се она размотрити. Убрзо је Торквемада искористио и то право те је оптужио два бискупа жидовског поријекла да нагињу јереси. Обојица су позвана у Рим, гдје су остали до смрти. Дакле, није успио да у потпуности добије јурицдикцију над црквеним великодостојницима, али сама чињеница да је имао могућност да их изведе пред суд курије, била је и више него довољна да их држи у страху.

Па чак су се и папе са дубоким поштовањем односиле према лику и дјелу надинквизитора Томаса де Торквемаде.

Папа Сикст IV у једном писму каже:

...Ми смо све то (извјештаје кардинала Борџије о дјеловању Торквемаде) чули са великом радошћу, и сретни смо, што сте Ви, обдарени знањем и моћу, управили своју велику ревност свему ономе што доприноси слави Божијој и користи праве вјере. Препоручујемо Вас Свевишњем и бодримо Вас, љубљени сине, да наставите у својој неуморној ревности, и да потпомажете ствар вјере. Тако ћете заслужити нашу особиту милост...

Александар VI, исти онај кардинал Родриго Борџија који је слао извјештаје о раду инквизиције у Рим, као папа у писму каже:

Гајим најдубљу оданост према Вашем огромном труду у проповједању католичке вјере.

Као и у Кастиљи и Андалузији, Торквемада је успио, потпуно независно од папе, да наговори краља и у веде инквизицију и у Арагон и Каталонију. Најгоре је било у Сарагоси, гдје је инквизитор био Педро Арбуес, најстрашнији од двих. Било је познато да га је народ истински мрзио, те је из страха увијек носио оклоп и копље, па чак и у цркви. Копље је испуштао из руке само када је узимао путир. Али упркос томе, успјели су да га убију. Убице су умакле, те инквизиција за одмазду спали двије стотине људи. Међутим, тада се расположење вјерника у потпуности промјенило. Одједном су почели да обожавају Арбуеса као мученика, а по причању, локве крви на мјесту гдје је у саборној цркви убијен нису никада биле суве. Педро Арбуес проглашен је 1661. за блаженог, а два вијека послије за свеца.

Торквемада је био опсједнут идејом о чистоти поријекла, тако да је измислио Limpresa de Sangre- документ који је потврђивао чистоту крвног поријекла. Свакоме ко је у себи имао мало јеврејске крви, било би забрањено да држи јавну канцеларију, или је био оптужен као јеретик.

1484. је, под педсједништвом Торквемаде, у Севиљи одржан састанак инквизитора тројице чланова Краљевског савјета Кастиље. Утврдили су правила и статуте по којима би инквизиција требало да ради. Збирка прописа која је тада издата, а која је у потпуности била испуњена Торквемадиним духом, важила је као основа за процесе инквизиционих трибунала.

По смрти папе Сикста IV морало је именовање врховног инквизитора бити обновљено, јер је познато да сви службеници курије са смрћу папе губе своје положаје, док их нови папа не позове на функцију. Нови папа је поново поставио Торквемаду на стару позицију, уз звање ad beneplacitum, тј. по вољи папе, тако да је од тада звање врховног инквизитора није губило са смрћу папе.

Временом је Ватикан постајао претрпан оптужбама против Торквемадине тираније, те је било неопходно да се нешто по том питању учини. У три наврата је позиван да се оправда пред папом. Никада се није појавио у Риму, већ је слао повјерљивог редовника који га је изванредно бранио. Папа Александар VI Борџија, који је још као кардинал извјештавао Рим о изванредним Торквемадиним успјесима, а касније као папа похвалио његов рад, временом је мијењао мишљење. Хтио је свргнути Торквемаду, али је као Шпанац имао поштовање према шпанском двору, гдје је Торквемада био свемоћан. Компромис је нашао у издавању бреве у којој је изразио наводну забринутост за функционисање судова, будући да је Торквемада био стар и болешљив, те му је као помоћнике додијелио четири бискупа са титулама врховних инквизитора, са истим правима које је имао Торквемада. Али чак ни папина воља није сломила моћ Торквемаде. Уз подршку владара, остао је он једини надинквизитор до своје смрти.

1492. Фердинанд и Изабела освојили су Гранаду, посљедње муслиманско краљевство у Шпанији. Тада су у своје име, и у име својих насљедника, обећали Маурима да ће моћи спокојно живјети у складу са својим обичајима и, што је најважније, да ће бити равноправни са хришћанским поданицима. Међутим, тада је на сцену ступио Торквемада убјеђујући краљевски пар да чине велику грешку и да преузимају тешку одговорност пред Богом, уколико не учине све да своје нове поданике одврате од лажне вјере.

Први надбискуп Гранаде, кардинал Фердинанд де Талвер, учио је арапски и покушавао на благ начин, кроз проповиједи, да задобије наклоност Маура и да их преобрати у хришћанство. Није имао много успјеха, тако да га је убрзо замијенио кардинал Хименес де Киснерос- сушта супротност благом проповједнику. Одбацио је стратегију претходника и присиљавао муслимане да се покрсте, о оне који би то одбили, хапсио би. Само у првој години његовог дјеловања покрштено је око три хиљаде муслимана и спаљено на хиљаде арапских књига. То је изазвало велико незадовољство унутар муслиманских кругова, који су се јасно сјећали заклетве краљевског пара. Одлучили су да се побуне. Опколили су кардиналов дворац и хтјели да га убију, али су на наговор бившег надбискупа Талавере положили оружије. Међутим, то је била искра која је запалила буктињу. Тада су све заклетве биле прекршене. Маурима је понуђен избор: да ли да се покрсте или да буду гоњени. Неки су бјежали у планине, а они који су покрштавани били су познати под именом moriscos.

Кардинал Хименес, који је био опсједнут идејом да сви становници земље треба да су бар по имену хришћани, понудио је и исти избор Јеврејима, као и Мудејарима- муслиманима који су вијековима живјели под хришћанским владарима.

По заузећу Гранаде порастао је број муслиманских поданика тако да су владари све више попуштали Торквемадином хиру о прогону Јевреја. Познато је да су Јевреји спадали међу најбогатије поданике, те понудише краљу огромну суму како би спријечили прогоне. Фердинанд, коме је жеља за увећањем богатства и моћи надмашила вјерску ревност, био је спреман да прихвати, али разбјешњели Торвемада, носећи крст, улети у краљевске вичући:

Ово је разапети Христ, кога је Јуда продао за тридесет сребрњака, а сада ви хоћете да га поново продате за већу суму! Полажем своје звање, мене неће погодити никакав пријекор, али ви дугујете Богу рачун за своје дјело!

Након тог догађаја понуда је, наравно, била одбијена али је вјешти Торквемада постигао још и више. 30. марта 1492. године Фердинанд и Изабела потписали су закон по којем су пружили могућност Јеврејима да се покрсте или да у року, од најдаље четири мјесеца, напусте земљу. Торквемада је допунио овај закон дијелом који забрањује свим хришћанима под највећим пријетњама да у ма којем облику потпомогну исељенике. Ни то му није било довољно па је приредио праву хајку на Јеврејске свете књиге, које је на гомилама спаљивао.

Лорентес, секретар инквизиције у Толеду и њен први историчар (XVIII вијек), сматрао је да је краљ Фердинанд само тражио изговор да би се домогао имања шпанских Јевреја, а да му је фанатична опсједнутост Торквемаде дошла као заклон.

Тек 1498. чуо је Торквемада вапаје народа и жеље курије те је наредио инквизиторима да не поступају самовољно и да не бацају у тамницу никога, против кога не би имали довољно доказа у рукама.

Исте године, 16. септембра, окружен спокојем и светошћу, умро је у цркви манастира у Авили. Касније су кружиле приче да се око његовог тијела простирао јако угодан мирис.

Торквемада није имао никада приватног живота, није нам сачувана ни једна његова слика. Он није био ништа друго него апостол своје идеје- редовник који је носио мач у десној, крст у лијевој руци. Ко год не би сагнуо главу, томе би је одрубио за славу Божију. Од свих људских особина живјела је у њему једино страст владања над другима. Торквемада је једна од оних великих калуђерских појава које су омогућиле побједу цркве над свијетом- а које су заборавиле Бога ради цркве.

По смрти Торквемадиној, на трону врховног инквизитора наслиједио га је професор универзитета у Саламанки, доминиканац Дијего Деса. Под његову јурисдикцију постављена је цијела Шпанија, али су га за живота замијенили у Кастиљи кардинал Хименес, познат по покрштавању Маура, а у Арагону бискуп Енгуера. Хименес је убро постао краљичин исповједник, те је имао јак утицај на политичка дешавања. Прихватио је надбискупски пријесто у Толеду, те је на тај начин постао примас цијеле земље. Оно што је Торквемада узео себи за циљ да оствари против Јевреја, то је Џименес чинио против муслимана са југа. Након смрти Изабеле и њеног зета Филипа Лијепог, Хименес је владао у Кастиљи као намјесник, надбискуп и врховни инквизитор.

Као што је некада присиљавао муслимане на крштење, тако их је сада присиљавао на упражњавање вјерских обреда, посјету црквама итд. Чак је увео инквизицију међу чисто маурским становништвом. Јерес је за њега била посвуда. Употреба арапског писма била је јерес, маурско народно одијело, уздржавање од вина, бојење ноктију, све су то биле јереси. А јереси су се строго кажњавале.

Чак су и папе почеле да се буне због тортура које проводи инквизиција. Познато је писмо папе Павла III из XVI вијека, који је писао португалском краљу Јовану:

...Са хришћанском вјером инквизиција нема ништа заједничког, него једино са осветом старих хришћана над новима, за коју заиста не постоје никакви разлози. Ја сам чврсто одлучио да се по својој пастирској дужности заузмем за оне сироте тлачене, јер их је инквизиција, нарочито забраном исељавања, довела у положај, који је гори од ропства... Ако се жели спријечити то да се нови хришћани врате старој вјери, то је само изговор мржње, а осим тога толико глупо како само може да буде...

Краљ Фердинад Католички умро је 1516. године, а у тестаменту је дао унуку и насљеснику Карлу V савјете о односу са срквом. Након годину дана умро је и трећи врховни инквизитор- кардинал Хименес. Тада је за четвртог врховног инквизитора постављен учитељ Карла V- кардинал Адријан од Ултрехта. Међутим, он се јако мало интересовао за рад инквизиције тако да су инквизитори радили по својој вољи. По Карловом ступању на пријесто дао је обећање муслиманима, попут Фердинанда и Изабеле, али га није одржао. Постајало је све јасније да се, упркос тортури инквизиције, муслимани слабо преобраћају у хришћане. 1569. Карлов насљедник Филип II, окрутни фанатик који је био спреман на ломачу послати и сина уколико западне у јерес, наредио је да се велики број мориска (муслимани преобраћени у хришћанство) протјера у брда на сјеверу Шпаније. Филип III отишао је још и даље и протјерао их ван земље, а у Валенсији им дао рок од три дана да се скупе у луци, гдје ће их бродовима депортовати у Африку. Многи морисци ипак су остајали у Шпанији као робови или су подмићивали службенике, тако да је инквизиција имала пуне руке посла да их проналази и кажњава. 1769. пронађено је посљедње упориште мориска у Шпанији у граду Картагени.