Као што је већ наведено, први трибунал инквизиције установљен је у Севиљи. Службенике суда чинили су два инквизитора (доминиканци), један правник (предсједник суда), фишкал (тужилац, адвокат), те двојица конфискатора. Поред поменутих, присутни су били и бројни биљежници и мањи чиновници, те представници круне. Са развојем инквизиције посао трибунала је постајао обимнији тако да се константно расла потреба за већим бројем службеника.

Личнос инквизитора била је неприкосновена. Он је био носилац тајне, која је представљала срж инквизиције. Занимљиво је да је мјесто инквизитора могао да добије и неожењен лаик, а ако би се оженио морао би да напусти службу, јер се сматрало да више не може да чува тајне. Сви инквизитори губили су своје положаја са промјеном врховног инквизитора, уколико их овај не би поново поставио на дужност. Редовно су примали повјеренике Супреме у своје трибунале, који су контролисали исправност поступака.

Биљежници или нотари водили су записнике на суђењима и сва акта која су се тицала процеса. За вријеме претреса имали су предсједавајућег (alguazil), који је био човјек од угледа и у чију се моралност није сумњало.

Нижи чиновници стајали су под надлежношћу алгуазила, а најзначајнији су били: nuncio (гласник суда), portero (послужитељ) и carcelero (тамничар). Поред њих ту је била и тајна полиција која је хватала јеретике, те љекар који је присуствовао мучењима у циљу избјеавања смртних случајева.

Фамилијари су били службеници инквизиције који нису могли пасти под вјетовни суд. Често су име инквизиције употребљавали за постизање личних циљева те су били јако омржени од народа. Да би се приступило братству фамилијара, било је неопходно да сте стари хришћанин, и да, као ни ваши преци, нисте осумњичени за јерес. С тога, само су људи који су били на добром гласу могли приступити фамилијарима, а као доказ за то морали су увијек носити пуномоћ коју су потписала тројица инквизитора. Није била ријеткост да су плаћали велике суме новца за ту част.

Осим сталних службеника трибунала повремено су позивани, по жељи инквизитора, стручњаци лаици (consultoresa) или учени теолози (calificadoresa) којима су давани тежи случајеви на разматрање.

* * *

Више пута годишње инквизитори су подјећивали свако поједино мјесто округа за који су задужени. Посјета је обично бивала унапријед најављена да би се скупило што је могуће више народа. Капије града би се пред њима отварале и на располагање су им стављане све залихе града. Градске власти су се заклињале инквизиторима на вјерност. Од тог тренутка напуштање града било је строго забрањено. Тада су сви становници позивани да издају јеретике и кажу све што им се чинило сумњиво. Ко није имао ништа да саопшти, био би под сумњом. Након тога приступало се читању клетве, која је гласила:

Искључујемо и проклињемо и име Оца, Сина и Светога Духа, на темељу закона, све јеретике у крилу наше свете католичке цркве, све који их помажу и скривају, и предајемо их сотони... Нека су проклети ма гдје били, у граду или на селу, при јелу или при пићу, будни или у сну, живи или мртви. Бог нека им пошаље глад и кугу и нека буду омрзнути код свих људи. Сотона нека им стоји с десне стране, а код задњег суда нека буду осуђени на вјечно проклетство. Нека буду истјерани из својих кућа, нека им њихови непријатељи узму имања, њихове жене и дјеца нека устану против њих, нека им нико не помогне у невољи. Нека буду проклети свим клетвама Старог и Новог завјета, нека падне на њих клетва Содоме и Гоморе и нека их спали њихова ватра. Земља нека их прогута живе као Датана и Абирама, због гријеха непослушности. Нека буду проклети као Луцифер и сви ђаволи пакла, да тамо морају остати са Јудом и вјечно осуђенима, ако не признају своје гријехе, не моле за милост и не поправе свој живот.

Народ би тада одговарао амин, а црквена звона би почињала да звоне. Тада би свештеници ишли пјевајући око цркве и у једном моменту двије бакље, које су до тада горјеле испред крста замотаног у црно, потопили у освјештану воду, говорећи:

Као што се ове бакље гасе у води, тако ће се угасити њихове душе у паклу.

Свједоцима је, наравно, било загарантовано да ће се њихово име чувати у тајности, што је без изузетака испуњавано. Објављиван је рок од тридесет до четрдесет дана, који је јеретицима дат да се сами пријаве трибуналу, а било је и оних који су то чинили, уздајући се у обећану милост. Такви су називани espontaneados.

Стручњаци теолози одлучивали су да ли постоји основа за тужбу или не, те су се састајали са инквизиторима и фишкалом и у случају једногласности издали рјешење о хапшењу (clamosa). Након хапшења фишкал би писао и званичну тужбу која се завршавала молбом да се окривљени мучи док не призна кривицу. Сваки оптуженик смјештан је у засебну ћелију, окован у ланце, а једино је исповједнику ^{било дозвољено да са њим разговара.}

Ускоро након хапшења заказивано је главно саслушање. Од оптуженог се једино захтјевало да призна кривицу. Могао је да назначи свједоке који би свједочили у његову корист, али им се није придавала ни најмања важност. Уколико би признао кривицу до извршења пресуде није долазило одмах, већ се чекао свечани чин објављивања кривице, тзв. чин вјере (порт. auto da fe или лат. sermo generalis). У већини случајева током процеса прибјегавало се мучењу да би се извукло признање. Мучење се по правилу могло вршити само једном, али је постојала могућност настављања уколико се није добило признање. Методе мучења биле су сурове до тада невиђене. Измишљане су посебне справе које је користила само инквизиција, а што је најгоре постојали су инквизитори који су истински уживали у том послу и који су се водили Торквемадином логиком да је сажаљење искушење које хришћанин мора да савлада.

Само признање кривице, које би под оваквим условима свако дао, није било довољно. Окривљени је приликом мучења морао да ода сваку појединост, да би се могло установити да ли се ти подаци поклапају са изјавама свједока. Признање дато на мучилишту морало се сутрадан поновити, а уколико би се порицало, мучење би се настављало. Мочење се упражњавало све до 1816. када је укинуто папском булом.

Ослобађања од оптужби била су врло ријетка и нису означавала да је оптужени невин, већ само да не постоје ваљани докази. Уколико би се пронашли докази или свједоци, процес би се настављао. Формула за ослобађање гласила је:

Пошто му злочин није могао бити доказан, изречен му је укор и опоменут је за будућност.

Инквизиција је извршила и подјелу оптуженика.

Negativo је био онај јеретик који није признавао ништа и био је спаљен као непоправљиви грешник.

Diminuto је јеретик који је премало признао и издао премало сарадника и обично је и он спаљиван.

Heresiarch (кнез јеретика) је био онај који не само да је био јеретик, већ је и друге подучавао кривум учењу. Покајао се или не, жив је спаљиван.

Међу лакше казне спадали су прогон на одређено вријеме, хаџилук, бичевање или служење у краљевској галији. Усталио се обичај да се мањи прекршаји могу отплатити новцем, тако да је установљена тарифа. Конфискација имовине готово никада није изостајала, а било је и случајева да је казне извршаване тако што су оптужене продавали у робље. Они тежи пријеступи кажњавани су спаљивањем на ^{ломачи.}

* * *

Чин вјере (auto da fe), обично се заказивао на велике празнике свега неколико пута годишње, да би било присутно што више вјерника. Сматрао се за највишу службу, јер је означавао побједу цркве над невјерницима. Данима су се вјерници скупљали из околних мјеста, јер су на тај дан добијали опрост за гријехе, а припреме за свечаност трајале су по неколико седмица.

На главном градском тргу подизале би се двије трибине: једна за инквизиторе и свјетовну власт, а друга за јеретике. Уочи самог дана одвијала се велика процесија, приликом које је инквизитор носио велики зелени крст, други редовник бијели крст, а фамилијари заставу инквизиције. Иза заставе ишло је свештенство. Зелени крст се ставља на олтар, гдје га доминиканци чувају до сутрашње свечаности, а бијели крст носи се до ломаче, која је обично била изван града. У девет сати навече инквизитор је одлазио у затвор и саопштавао окривљенима пресуде.

Рано ујутро, на олтару на којем се налази зелени крст, служи се миса. Осуђеницима се за то вријеме даје доручак, након којег им облаче санбенито (посебна хаљина за осуђенике) и на главу им стављају корозу (coroza; шиљата капа осликана сценама из пакла). Праћени фамилијарима осуђеници одлазе на трибину намјењену за њих. Тога дана свјетовна власт се у потпуности подређује инквизицији, тако да је она господар града. Након што су сви заузели мјеста, почињу проповиједи, а по завршетку гласник инквизиције читао је заклетву која је обавезивала све присутне да јој се покоравају. Уколико би краљ био присутан, најстарији инквизитор би одлазио до њега и захтјевао да изрекне заклетву. По изрицању заклетве, оптужени су позивани један за другим и изрицана им је пресуда и дање су предавани свјетовној власти на извршење. Поворку која се кретала ка губилишту, а у којој су биле и кости или слике давно умрлих јеретика, често су од бијесне свјетине морали бранити војници.

Чин вјере завршавао се церемонијом одрицања и измирења са црквом јеретика који су се покајали. Са крста је скидан црни вео, а зелени крст је враћан у сједиште инквизиције. Церемонија је настављана сутрадан када су покајници јавно шибани, а након тога одвођени у тамницу.

При спаљивању на ломачи није бло присутних свештеника, осим посебног изасланика трибунала инквизиције.

Осим великок auto da fe-a, постојао је и мали назван auto particular или autillo. Обављао се најчешће у црквама или у просторијама инквизиције, и то у случајевима када се радило о мањој јереси или у случајевима када се због малог броја вјерника није исплатило одржавати велики чин вјере.