Seit 1500 war die christliche Kirche im Laufe der Zeit immer mehr säkularisiert; viele Kirchenfürsten waren mehr an Geld, Pracht und Macht als an der Lehre und am Seelenheil der Menschen interessiert. Der päpstliche Hof benötigte viel Geld für sein luxuriöses Leben, und als Papst Leo X. zu Beginn des 16. Jahrhunderts die Peterskirche in Rom errichten lassen wollte, mussten zusätzliche Einnahmequellen erschlossen werden; der „Ablasshandel“ wurde praktiziert: Die Prediger, welche der Papst unter die Menschen sandte, verbreiteten den Menschen, dass sie von ihren Sünden und den Qualen des höllischen Feuers befreit werden, wenn sie einen „Ablass“ zahlen.
Der deutsche Augustinermönch und Theologieprofessor an der kursächsischen Universität zu Wittenberg Martin Luther (1483-1546) veröffentlichte am 31.Oktober 1517 95 in Latein verfasste Thesen, in denen er aus der Bibel begründete, dass die Ablassprediger sich entweder irrten oder den Gläubigen bewusst den Irrtum verbreiteten.
Er schrieb:„Ein jeder Christ, der wahre Reue und Leid empfindet über seine Sünden, hat die völlige Vergebung von Strafe und Schuld auch ohne Ablass, allein durch die Gnade Gottes…“(M.Luther in „Über die Kraft der Ablässe“, Wittenberg 1517)
Der Papst verlangte von Luther „den Irrtum zu widerrufen“, andernfalls werde er aus der Kirche ausgeschlossen, jedoch widerrief Luther nicht.
Nun versuchte die katholische Kirche die Ausbreitung des Protestantismus’ auf verschiedene Weise zu verhindern. Im Jahre 1545 wurde ein Konzil einberufen, das in Trient 18 Jahre lang an der Erneuerung der katholischen Lehre und Kirche arbeitete. Glaubensgrundsätze wurden klarer formuliert und gegen „Irrlehren“ abgegrenzt.
Die Zeit, in der sich auch die katholische Kirche reformierte, nennt man die Zeit der Gegenreformation. In allen europäischen Ländern, in denen sie sich begegneten, kam es zu Auseinandersetzungen: in Frankreich wurde die Bartholomäusnacht (24.08.1572) zum traurigen Höhepunkt; katholische Fanatiker töteten in dieser Nacht etwa 20.000 Protestanten, jedoch konnte die neue Welle damit auch nicht abgewehrt werden.
Im Jahre 1589 wurde Heinrich von Navarra, ein Protestant, König Frankreichs; er musste zwar zum katholischen Glauben übertreten, aber im „Edikt von Nantes“ gewährte er 1598 den Protestanten Gleichberechtigung in seinem Lande.
In Spanien regierte zu dieser Zeit Philipp II., welcher alle „Ketzer“, wie er die Andersgläubigen nannte, verfolgen ließ und die, die den „Irrlehren“ nicht widersprachen, auf dem Scheiterhaufen verbrennen ließ.
Auch in den Niederlanden, welche zu Spanien gehörten, wollte Philipp II. den Protestantismus zurückdrängen, jedoch erkämpften sich die Protestanten im Jahre 1581 unter der Führung Wilhelms von Oranien die Unabhängigkeit.
Auch in Deutschland verschärften sich zu Beginn des 17.Jahrhunderts die Gegensätze zwischen Katholiken und Protestanten und führten 1618 zum Dreißigjährigen Krieg, der in mehrere Phasen unterteilt wird: böhmisch-pfälzischer Krieg (1618-1623),
dänisch-niedersächsischer Krieg (1625-1629), schwedischer Krieg (1630-1635) und französisch-schwedischer Krieg (1635-1648). Anfangs ging es dabei noch um Religion und Glauben, als aber die kaiserlich-katholischen Truppen unter ihrem Feldherrn Wallenstein das protestantische Norddeutschland erobert hatten und dessen Kirchengüter säkularisieren wollten, stellten sich auch katholische Landesfürsten gegen den Kaiser; seine Macht sollte eingeschränkt werden.
Auch als die Nachbarländer in den Krieg eingriffen, ging es in erster Linie um Machtfragen. Der schwedische König Gustav Adolf kämpfte mit seinem Heer zwar für den protestantischen Glauben;
v. a. aber wollte er Norddeutschland von den Katholiken zurückerobern, um die schwedische Führungsrolle an der Ostsee zu stärken – das katholische Frankreich unterstützte ihn dabei. Im Jahre 1648, mit dem Westfälischen Frieden wurde, durch Abtretung Deutschlands einiger Gebiete (u. a. Elsass an Frankreich, Pommern, Bremen und Verden an Schweden), der Krieg beendet.
Im Dreißigjährigen Krieg sowie bei der Pest von 1348-1352 ist etwa ein Drittel der Bevölkerung umgekommen.