Početkom četrdesetih Jugoslavija se našla u obruču neprijateljskih zemalja. Osim Grčke, sve druge susedne zemlje su bule vezane sporazumima za Nemačku i Italiju. Hitler je vršio snažan pritisak da i Jugoslavija pristupi paktu. Vlada je čak bila spremna na kompromise sa njim, ali raspoloženje u zemlji je bilo sasvim drugačije. Javno manifestovanje otpora nacizmu izazvalo je žestoku reakciju.
      Beograd i drugi veći gradovi su bombardovani, a tokom aprila 1941. godine Sile osovine su okupirale Jugoslaviju, rasparčale je i na njenom zapadnom delu stvorile marionetsku Nezavisnu Državu Hrvatsku pod vlašću ustaša, kojoj su pripojile Bosnu i Hercegovinu. Srbija je okupirana od nemačkih trupa, pri čemu su njeni severni delovi pripojeni Mađarskoj, a istočni i južni Bugarskoj. Kosovo i metohija su većim delom pripojeni Albaniji, koja je bila pod patronatom fašističke Italije. Crna Gora jetakođe umanjena pripajanjem njenih delova Albaniji i okupirana od strane Italije. Slovenija je podeljena između Nemačke i Italije, koja je prisvojila i jadranska ostrva.
     Fašistička Hrvatska je po uzoru na nacističku Nemačku osnovala koncentracione logore u kojima je počinila genocid nad više od 750.000 Srba, Jevreja i Cigana. Iskustvo tog holokausta stvorilo je istorijsku i političku pozadinu za građanski rat u Hrvatskoj i Bosni i Hercegovini pedeset godina kasnije, koji je pratio razbijanje Jugoslavije 1991 – 1992. Gruba politika nemačkih okupacionih snaga i genocidna politika hrvatskog ustaškog režima proizveli su snažan srpski pokret otpora. Srbi su ustali u odbranu od hrvatskog genocida i nacističkog porobljavanja Jugoslavije. Mnogi su se pridružili partizanskom otporu (Narodnooslobodilačka vojska predvođena Josipom Brozom Titom) u oslobodilačkom ratu, doprinoseći pobedi saveznika. Do kraja 1944. godine, partizani, potpomognuti od strane ruske Crvene armije, oslobodili su Srbiju, a do maja 1945. preostale jugoslovenske teritorije, spojivši svoje snage sa savezničkim trupama u Mađarskoj, Austriji i Italiji. Srbija i Jugoslavija su bile među zemljama koje su najviše razorene u toku rata: 1.700.000 (10,8% populacije) ljudi je ubijeno, a gubitak nacionalnih dobara je procenjen na 9,1 milijardu američkih dolara, po cenama iz tog vremena.