Boston su osnovali 17. septembra 1630. godine doseljenici iz Engleske. Puritanci su nakon dolaska iz Engleske, osnovali Masačusets Bej Koloniju, a u nekim spisima se pominju zajedno sa doseljenicima koji su osnovali koloniju Plimut deset godina pre toga. Ove dve grupe doseljenika su istorijski i religijski različite, i ove dve kolonije su tek 1691. godine ujedinjene u jedno, pod nazivom Provincija Masačusets Zaliva.
Šomut poluostrvo je fizički bilo spojeno sa kontinentom Severne Amerike prevlakom, koja je bila opkoljena sa jedne strane rekom Čarls, a sa druge strane Atlantskim okeanom. Nekoliko praistorijskih arheoloških iskopina su potvrdile da je poluostrvo bilo naseljeno američkim indijancima još u 5. veku p.n.e. Engleski doseljenici su novoosnovani grad nazvali Boston, po Bostonu u Engleskoj, iz kojeg je nekoliko prominentnih porodica emigriralo u Novi svet.
Prvi guverner Masačusets Bej Kolonije, Džon Vintrop, je tokom ceremonije proglašenja prvog guvernera dao besedu, koju je nazvao Model hrišćanskog milosrđa, i koja je u osnovi imala ideju da Boston ima posebni savez sa Bogom. Doseljenici su nakon osnivanja grada imali nameru da naprave moderan grad sa dobro organizovanom građanskom strukturom, i iz te želje osnivaju prvu osnovnu i srednju školu, Latinska škola Bostona (1635.)) i prvi američki univerzitet, Harvard koledž (1636.). Do sredine 1700-te, Boston je bio najveći grad britanske Severne Amerike.
1770. godine, Britanija pokušava da uspostavi rigorozniju kontrolu nad svojim kolonijama, u najvećoj meri putem oporezivanja. Povišeni porez je bio jedan od pokretača ideje o revoluciji, koja je ubrzo i usledila. Brojne bitke tokom američke revolucije su se odigrale u samom centru današnjeg Bostona – Bostonski masakr, Bostonska Čajanka, Bitka za Leksington i Konkord, Bitka kod Banker Hila i Opsada Bostona. Tokom ovog perioda, Pol Reveri, današnji nacionalni simbol patriotizma u Sjedinjenim Državama, postaje poznat po svojoj ulozi kurira u revoluciji.
Nakon revolucije, kao američka luka najbliža Evropi, Boston ubrzo postaje jedan od najbogatijih međunarodnih špedicionih centara zahvaljujući svojoj geografskoj poziciji. Putem ove luke, Boston izvozi rum, ribu, so i duvan. Tokom ovog finansijkog uspona grada, mlađe generacije bostonskih porodica koje su emigrirale u Ameriku postaju deo elite novog američkog društva. Ove porodice i do danas imaju veliku kako političku tako i finansijsku moć u američkom društvu. Ove porodice su nazvane Bostonski Brahmini ili Prve Porodice Bostona. 1822. godine, Boston je proglašen gradom.
Embargo Akt iz 1807. godine, koji je usvojen tokom Napoleonovih ratova, je u velikoj meri suzbio špediciju iz luke u Bostonu, te su građani Bostona morali da pronađu novi način obrtanja kapitala, što je dovelo do razvoja teške industrije kao i zanata. Industrija je postala važan deo privrede grada, i već sredinom 1800-tih godina industrija je premašila prihode koje bi grad imao da je ostao pri trgovini iz priobalnih luka. Sve do ranih 1900-tih godina, Boston je bio najvažiji proizvodni centar, naročito u tekstilnoj i kožnoj industriji. Mnogobrojne male reke koje prilaze gradu ili se spajaju sa rekom Čarls koja prolazi gradom, su u velikoj meri olakšale trgovinu tekstila i kože u regionu. I danas se mogu videti mnogobrojne stare fabrike za proizvodnju tekstila koje se nalazi bliu reka. Kasnije, dolaskom železnice, industrija se razvila i po prigradskim naseljima i trgovina u velikoj meri modernizovala. Boston je u ovo vreme važio kao kulturni, književni i naučni centar, tradicija koja je ostala i do danas. Usled veoma visokog stepena obrazovanja lokalnog stanovništva, grad psotaje i centar pokreta za aboliciju ropstva u Sjedinjenim Državama.
1820. godine, stanovništvo grada se udvostručuje, i sa novim prilivom evropskih imigranata, i etnički sastav grada postaje raznolik. Tokom ovog priliva imigranata, najveću grupu čine irski imigranti, kojih je 1850. godine bilo 35.000.Grad je u drugoj polovini 19. veka imao svoj drugi talas imigranata, od kojih su najbrojniji bili Rusi, poljski Jevreji i Francuzi iz Kvebeka. Tokom ovog perioda, ovako raznoliko stanovništvo je osnovalo svoje komšiluke, koje i dan danas nose naziv po svojim prvim doseljenicima. Tako su Italijani naselili Sverni kraj, Irci Južni Boston, a ruski Jevreji Zapadni kraj. Imigranti su sa sobom doneli religije, tradicije, domaću hranu kao i jezike. Zahvaljujući irskim i italijanskim imigrantima, koji su sa sobom doneli katolizicam, katolici i danas čine najbrojniju religijsku grupu u Bostonu.
Između 1630. i 1890. godine, lokalne arhitekte i građevinci u izmenili prvobitni izgled Bostona tako što su mnoge močvare i peščare postale deo urbanog Bostona. Ovu urbanističku promenu, Valter Mjuir Vajthil je u šali opisivao kao proces sečenja brda kako bi se rupe popunile. Jedan od najvećih promena izgleda je bila 1807. godine kada je Bikon brdo potpuno poravnato kako bi se sa popunila močvara sa dodatnim zemljištem. Taj deo grada je današnji Hejmarket Trg. Na Bikon brdu se danas nalazi skupština države Masačusets. Sama zgrada se nalazi na delu koje je nekad bilo vrh brda.