Vegetacija Egipta ograničena je na deltu, dolinu Nila i pustinjske oaze. Najviše rasprostranjena je kokosova palma. Od ostalih vrsta drveća ovde se nalaze akacija, tamaris, karob. Drveće koje je doneto sa drugih kontinenata su čempres, eukaliptus, mimoza kao i razne vrste voćki. Aluvijalno tlo Egipta, naročito u delti, pogodno je za gajenje različitih biljaka i kultura, uključujući grožđe, razne vrste povrća, cveća poput lotusa, jasmina i ruže. U pustinjskim predelima najčešće raste šiblje i trava za stoku. Papirus, nekada zastupljen duž Nila, sada se može naći na samom jugu Egipta. Zbog pustinjske klime, Egipat ima nekoliko domaćih divljih životinja. Gazele u pustinji, kao i lisice, hijene, šakali, divlji veprovi naseljavaju različita područja, uglavnom deltu i planine duž Crvenog mora. Od reptila živi nekoliko vrsta otrovnih zmija. Krokodili, nastanjeni nekad u Donjem Egiptu, danas uglavnom žive na području Gornjeg Egipta. Od ptica živi flamingo, orlovi, lešinari, pelikani i još preko 493 poznatih vrsta. Nastanjeni su i mnogi insekti, a škorpioni žive u pustinjskim predelima. U jezerima i u Nilu živi oko 70 vrsta ribe.