Kao naucnik Leonardo se uzdizao iznad svih svojih suvremenika. Njegove znanstvene teorije, kao i njegove umjetničke inovacije, bile su bazirane na pažljivom promatranju i preciznom dokumentiranju. Shvaćao je, bolje nego bilo tko u njegovom ili sljedećem stoljeću, važnost preciznog znanstvenog opažanja.
Nažalost, kao što često nije uspijevao ostvariti svoje umjetničke projekte, tako nikada nije dovršio planirane rasprave (monografije) na temu različitih znanstvenih tema. Njegove teorije sadržane su u brojnim bilježnicama, a većina ih je sačuvana u rukopisima. Budući da ju se ne može lako dešifrirati, Leonardova ostavština nije raznesena tijekom njegova života. Kada je u 16. stoljeću objavljena dovela je do revolucije u znanosti.
Leonardo je zapravo preduhitrio mnoga meteorološka i geološka otkrića, razumijevao je efekt Mjeseca na plimu i oseku, nagovještavao je moderno shvaćanje formiranja kontinenata te je pretpostavio podrijetlo fosiliziranih ljuštura. Bio je među prvim osnivačima znanosti o hidraulici i vjerojatno je izumio hidrometar. Njegova shema za gradnju kanala riječnih sustava još i danas ima praktičnu vrijednost. Predstavio je velik broj genijalno osmišljenih strojeva, od kojih su mnogi bili potencijalno upotrebljivi, između njih i ronilačko odijelo. Njegove leteće naprave, iako se nisu mogle koristiti u praksi, utemeljile su zvučne zakone aerodinamike.