Sve to je izaslo na vidjelo vec u prvoj velikoj bici kod Bull Runa, koja je zavrsila pobjedom Juga, ali nakon koje pobjednicka vojska nije mogla marsirati na Washington i natjerati Sjever na predaju. U medjuvremenu je Sjever zapoceo pomorsku blokadu i kampanju zauzimanja juznjackih luka koja ce s vremenom dovesti do ekonomskog iscrpljivanaja Konfederacije. Na zapadnim bojistima su sjevernjaci imali vise uspjeha, pogotovo kada je general Grand zapoceo postupno zaposjedanje strateski kljucne doline Mississipija, odnosno Jugu nanio prvi znacajniji poraz u krvavoj bici kod Shiloha u proljece 1862. godine.

Na istocnom bojistu je komandu nad snagama Unije preuzeo general George McClellan, vrlo efikasan administrator i popularan medju svojim vojnicima, ali potpuno nesposoban na bojnom polju. To se pokazalo za vrijeme pohoda na Richmoond u proljece 1862. godine kada je naredio povlacenje sa samih prilaza Juznajckog glavnog grada. General Lee, koji je u to doba postao komandant snaga Juga, drzao je da Jug ne moze pobijediti ratu koji se vodio na njegovom teritoriju, te da je nuzno izvrsiti ofanzivu na Sjever i tako Uniju prisiliti na mir. Prvi takav pokusa je u septembru 1862. godine doveo do krvave bitke kod Antietama. Iako je njen rezultat bio takticki neodlucan, Lincoln ju je proglasio pobjedom i iskoristio kao prilika da donese Proklamaciju o emancipaciji, kojem je de facto ukinuo ropstvo nad svim juznjackim teritorijama pod sjevernjackom okupacijom. Taj je proglas iz temelja promijenio vidjenje rata u svijetskoj javnosti. Ispocetka se na njega gledalo kao na cisto ostavni spor, u kojem su mnogi simpatizirali slabiji Jug i priznavali mu pravo na nezavisnost. No, kada je ukidanje ropstva navedeno kao jedan od sjevernjackih ratnih ciljeva, podrska za Jug je naglo splasnula, pogotovo u Velikoj Britaniji i Francuskoj, cije su vlade do tada razmisljale o posredovanju pa cak i vojnoj intervencioji u korist Juga.

Nakon dvije neuspjele sjevernjacke ofanzive u Virginiji, Lee je sredinom 1863. godine pokrenuo jos jedan pokusaj invazije Sjevera. On je doveo do bitke kod Gettysburga u kojoj je Jug tesko porazen. Gotovo istog dana Grant je zauzeo Vicksburg cime je cijeli tok Mississipija stavljen pod sjevernjacku kontrolu i Konfederacija presjecena napola. Nakon toga je svima bilo jasno da, objektivno gledano, rat ne moze zavrsiti drukcije nego juznjackim porazom, ali je vlada u Richmondu nastavila borbu smatrajuci kako ce nezamislivo veliki gubici u ljudstvu rat uciniti nepopularnim medju glasacima u sjevernim drzavama te ih natjerati da na predsjednickim izborima godine 1864. okrenu ledja Lincolnu i podrze demokrate, ciji je kandidat McClellan bio zagovornikom mirovnih pregovora , ukljucujuci opciju da Jug sporazumno napusti Uniju.

Te su nade kratko vrijeme bile osnovane, nakon sto je Grantova spektakularna ofanziva dovela do teskih gubitaka u sjevernjackim redovima i degenerirala u pozicijski rat pred vratima Richmonda. Ali na zapadnom bojistu je u to vrijeme sjevernjacki general Sherman uspjesno probio juznjacke linije, prodro u Georgiju, osvojio Atlantu i zapoceo zloglasni Shermanov mars prilikom koga su opustosene drzave Georgija i Juzna Carolina, a Konfederacija lisena svojih kljucnih poljoprivrednih i drugih resursa. Nakon sto je Lincoln ponovo izabran za predsjednika, a juznjacke redove pocela muciti glad i nestasica svih mogucih namirnica, kraj rata je bio samo pitanje vremena. U proljece 1865. probijene su juznjacke linije pred Richmondom, koji je ubrzo pao u sjevernjacke ruke, cime je vlada Konfederacije de facto prestala postojati. Glavnina juznjackih snaga se ubrzo nakon toga predala generalu Grantu kod Appomatoxa, sto se uzima kao formalni zavrsetak gradjanskog rata.