Napoleon je 27. marta 1796. preuzeo zapovedništvo francuske vojske u Italiji. Predvodio je uspešnu invaziju Italije. U bici kod Lodija dobio je nadimak "mali kaplar", što je odražavalo njegovo prijateljstvo sa vojskom, od kojih je mnoge znao po imenu. Isterao je Austrijance iz Lombardije i pobedio je vojsku Papske države. Pošto je papa Pije VI protestvovao zbog pogubljenja kralja Luja XVI Francuska se osvetila aneksijom dve male papske teritorije. Napoleon je ignorisao naređenje od Direktorijuma da maršira na Rim i da svrgne papu. Tek nakon godinu dana je general Luj Aleksandr Bertje zauzeo Rim i utamničio papu 20. februara 1797. Papa je u tamnici umro od bolesti. Napoleon je početkom 1797. predvodio svoju vojsku na Austriju. Austrija je nakon poraza bila prisiljena da moli za mir. Kampoformijskim mirom iz 1797. Francuska je dobila kontrolu nad severnom Italijom, Belgijom, Holandijom i Porajnjem. Tajnom klauzulom Mletačka republika je obećana Austriji. Napoleon je nakon toga krenuo na Veneciju i prisilio je na predaju. Tako je Venecija prestala postojati kao država 1797, nakon 1.000 godina nezavisnosti. Kasnije tokom 1797. Napoleon je organizovao mnoštvo teritorija u Italiji u Cisalpinsku Republiku.
Serija vojnih uspeha bila je rezultat njegove sposobnosti da primenjuje enciklopedijsko znanje konvencionalne vojne misli na situacije u realnom svetu. To je on pokazao kreativnim korišćenjem artiljerijske taktike, pa je artiljeriju koristio kao mobilnu silu, koja je podržavala napredak pešadije. On je to ovako opisao „Ja sam se borio u šezdeset bitaka i nisam naučio ništa što pre toga nisam znao“. Slike savremenika koje pokazuju njegov glavni štab oslikavaju Šapov semafor, koji je prvi put korišćen 1792. Bio je majstor i špijunaže i obmane i imao je poseban smisao za to kada treba da udari. Često je dobijao bitke tako što je koncentrisao svoje snage, a da neprijatelj nije bio toga svestan. Za tu svrhu je koristio špijune da bi sakupio informacije o neprijatelju, a vešto je sakrivao raspoređivanje svojih snaga. U tom pohodu, koji se smatra njegovim najvećim pohodom Napoleon je zarobio 160.000 neprijateljskih vojnika, 2.000 topova. Za godinu dana Napoleonovog pohoda ostvario je najveće prodore po tradicionalnim normama 18. veka, a taj njegov pohod označavao je novu eru u istoriji ratovanja.
Dok je ratovao u Italiji Napoleon je postajao sve uticajniji u francuskoj politici. On je štampao dve novine, koje su bile namenjene vojsci, ali prodavao ih je i u Francuskoj. U maju 1797. osnovao je i treće novine, koje je štampao u Parizu. Na izborima sredinom 1797. rojalistička partija je postala moćnija, što je upozorilo Pola Bara i njegove prijatelje u Direktorijumu. Rojalisti su napadali Napoleona zbog pljački u Italiji i za prekoračenje nadležnosti u pregovorima sa Austrijancima. Napoleon je zbog toga poslao generala Pjera Ožeroa. Pjer Ožero je izvršio državni udar 4. septembra 1797. (18. fruktidor po revolucionarnom kalendaru) i uklonio je rojaliste sa vlasti. Bara i njegovi republikanski saveznici su ponovo imali punu kontrolu, ali zavisili su od Napoleona. Napoleon je sada sam pregovarao sa Austrijancima, a u Pariz se vratio kao heroj. Imao je dominantnu moć i postao je popularniji od Direktorijuma.
U martu 1798. Napoleon je predložio vojnu ekspediciju da bi se zauzeo Egipat, koji je tada bio provincija Otomanskoga carstva. Napoleon je time nameravao da zaštiti francuske trgovačke interese i da oteža britanski pristup Indiji. Direktorijum je bio zabrinut veličinom i troškovima ekspedicije, ali složio se sa idejom, jer im je odgovaralo da se popularni general makne iz centra zbivanja. Neobičan aspekt egipatske ekspedicije bilo je uključivanje velike grupe naučnika. Jedno od tadašnjih otkrića bio je čuveni kamen iz Rozete. Takvo uključivanje intelektualnih snaga jedni su smatrali indikacijom Napoleonove privrženosti principima prosvetiteljstva. Drugi su smatrali da je on majstor propagande i da na taj način maskira imperijalističke motive invazije. U neuspešnom naporu da dobije podršku stanovništva Egipta Napoleon se prikazivao kao oslobodilac od turske vlasti. Napoleon je zauzeo Maltu 9. juna 1798. i okončao je vlast vitezova svetoga Jovana.
Posle toga izbegao je poteri britanske mornarice i iskrcao se u Aleksandriji 1. jula 1798. godine. Nakon iskrcavanja na obalama Egipta došlo je do bitke kod piramida. Tu se Napoleon sukobio protiv Mameluka, stare sile na Bliskom Istoku. Napoleon je imao mnogo manje vojnika od Mameluka. Bilo je 25.000 Francuza protiv 100.000 Mameluka, ali Napoleon se borio taktikom šupljih kvadrata u koje je postavio artiljeriju i snabdevanje. Napoleon je naneo težak poraz Mamelucima. Tokom bitke ubijeno je samo 300 Francuza i oko 6.000 Egipćana. Francusku pobedu na kopnu britanska mornarica je kompenzovala na moru. Veliki deo brodova, kojima je Napoleonova vojska došla do Egipta vratio se natrag. Jedan deo flote ostao je da podržava vojsku duž obale.
U bici kod Abukira 1. avgusta 1798. britanska flota pod zapovedništvom Nelsona je pobedila francusku flotu. Samo dva francuska broda su se spasila. Svi ostali francuski brodovi su bili potopljeni ili zarobljeni. Posle te bitke Napoleonova vojska u Egiptu je bila vezana za kopno, tako da više nije mogao ostvariti cilj učvršćenja francuskih pozicija u Mediteranu. Napoleon je učvrstio vlast u Egiptu, iako se suočavao sa stalnim pobunama. Početkom 1799. poveo je svoju vojsku u otomansku provinciju Siriju, a danas Izrael i Siriju. Tu je pobedio mnogo brojniju otomansku vojsku u nekoliko bitaka. Međutim Napoleonova vojska je bila oslabljena bolestima (najviše kugom) i lošim snabdevanjem. Napoleon je predvodio 13.000 francuskih vojnika pri osvajanju obalnih mesta Al Ariša, Gaze, Jafe i Haife. Francuzi su se pokazali posebno brutalni u Haifi. Francuzi su zauzeli Haifu nekoliko sati nakon napada, a bajonetima su pobili 2.000 turskih vojnika koji su pokušali da se predaju. Tri dana su ubijali i pljačkali muškarce, žene i decu, a masakr je završio Napoleonovim naređenjem da se pogubi dodatnih 3.000 turskih zarobljenika. Pošto su Francuzi bili oslabljeni zbog kuge nisu mogli da zauzmu Akru, pa su se u maju vratili u Egipat. Da bi ubrzao povlačenje Napoleon je naredio ubijanje zarobljenika i bolesnih od kuge. Kada se vratio u Egipat Napoleon je 25. jula 1799. pobedio Turke u novoj bici kod Abukira. Pošto je u Francuskoj postalo nestabilnije Napoleon je odlučio avgusta 1799. da se vrati. Armiju u Egiptu je ostavio generalu Žanu Kleberu.
Dok je bio u Egiptu Napoleon je nastojao da prati zbivanja u Evropi, oslanjajući se na novinske članke i na depeše koje su neredovno stizale. On je 23. avgusta 1799. naglo odlučio da krene u Francusku, da bi iskoristio privremeni odlazak britanskih brodova, koji su blokirali francuske luke. Kasnije je bilo optužbi da je on napustio svoju vojsku, ali faktički Direktorijum je naredio Napoleonu da se vrati, jer je Francuska pretrpela nekoliko poraza od snaga Druge koalicije, a bojali su se i invazije. Do vremena njegova povratka u Pariz, tj. do oktobra 1799. vojna situacija se znatno popravila posle nekoliko francuskih pobeda. Međutim Republika je bila pred bankrotom, a korumpirani i neefikasni Direktorijum nikad nije bio manje popularan nego tada. Jedan od članova Direktorijuma Emanuel Sijes obratio se Napoleonu tražeći podršku za državni udar i ukidanje ustava. U zaveru su bili uključeni
* Napoleon
* Emanuel Sijes
* Napoleonov brat Lisijen Bonaparta, koji je bio portparol Saveta Petstotina
* Rođer Dukos, jedan od članova Direktorijuma
* Taleran
Napoleon je 9. novembra 1799. (18. brimera) izveo državni udar. Dva dana su im trebala da uspostave kontrolu i da obezvlaste zakonodavna tela. To je omogućilo da krnje zakonodavno telo imenuje Napoleona, Sijesa i Dukosa kao privremene konzule koji će upravljati vladom. Sijes je nagovorio Napoleona sa namerom da sam preuzme vlast. Međutim Napoleon ga je izmanevrisao i omogućio je da se donese Ustav Osme Godine, kojim je Napoleon osigurao svoj uzbor za Prvoga konzula. Tako je Napoleon postao najmoćnija osoba u Francuskoj. Tu moć je povećao Ustavom Desete Godine, po kome je postao doživotni prvi konzul.
Napoleon je sproveo nekoliko trajnih reformi u oblastima kao što su centralizovana administracija departmana, visoko obrazovanje, oporezivanje, centralna banka, zakonici, drumski i kanalizacioni sistem. Pregovarao je o konkordatu iz 1801. sa katoličkom crkvom pokušavajući pomiriti katoličko stanovništvo sa režimom. Proglašen je 21. marta 1804. građanski zakonik zvan Napoleonov kodeks ili Francuski građanski kodeks (Code Civil de Francais). Taj kodeks ima značaj do današnjega dana u mnogim zemljama. Kodeks su pripremili komiteti pravnih stručnjaka pod nadzorom Žana Žaka de Kambaseresa. koji je bio drugi konzul od 1799. do 1804. Napoleon je aktivno učestvovao u sednicama državnoga saveta na kojima su se pretresali nacrti zakona. Postojali su i drugi kodeksi, tako da je 1808. izdan kodeks uputa u kriminalnom postupku, kojima je uspostavljen precizan niz pravila sudske procedure. Po sadašnjim standardima te procedure su išle u prilog tužbe, ali kada su proglašene predstavljale su lek za uobičajene zloupotrebe tužioca i na taj način su čuvali lične slobode.
Napoleon se 1800. vratio u Italiju, koju su Austrijanci i Rusi pod komandom Suvorova uspeli zauzeti dok je Napoleon bio u Egiptu. Napoleon je prešao Alpe u proleće (jahao je mulu, a ne beloga konja kako ga prikazuje Žak Luj David ). Pohod je loše započeo, ali već u junu 1800. je Napoleon potukao Austrijance u bici kod Marenja, što je dovelo do primirja. Napoleonov brat Žozef Bonaparta je predvodio pregovore. Izvestio je Napoleona da Austrijanci zbog britanske podrške odbijaju da priznaju francuske novoosvojene teritorije. Zbog toga je Napoleon naredio generalu Žanu Morou da još jednom napadne Austriju. Nakon Moroove pobede nad austrijskom vojskom u bici kod Hoelindena sklopljen je Lunevilski sporazum februara 1801. po kome je Francuska potvrdila ili povećala teritorije dobijene Kampoformijskim mirom.
Velika Britanija je potpisala Amijenski mir marta 1802. godine. Po tom sporazumu trebalo je da se Britanci povuku iz nekoliko kolonija koje su bili preoteli. Ovaj mir je bio kratkotrajan. Monarhije Evrope nisu priznavale Francusku republiku, jer su se bojale da bi ideje revolucije mogle preći francuske granice i ugroziti ih. Britanija je službeno priznala Francusku kao republiku, a sa druge strane brata Luja XVI je dočekivala kao državnog gosta. Britanija se nije povukla sa Malte kako je bila obećala. S druge strane protestovala je protiv francuske aneksije Pijemonta i Napoleonova akta o posredovanju u Švajcarskoj, iako Pijemont i Švajcarska nisu bili pokriveni uslovima Amijenskog mira.
Napoleon je 1803. doživeo težak poraz na Haitiju. Poslao je vojsku da ponovo zauzme Haiti i uspostavi bazu. Francuska vojska je nastradala što od žute groznice, što od pobunjenika pod vođstvom Tusana Luvertura i Žana Žaka Desalina. Haićanska revolucija je uspela, a Francuska se suočila sa teškim problemom. Pošto je Napoleon shvatio da ne može da obrani francuske posede na kopnu Severne Amerike, a približavao se opet rat sa Britanijom, odlučio je da proda Luizijanu po izuzetno niskoj ceni. SAD su kupile Luizijanu od Francuske za 7,4 dolara po km². Spor oko Malte okončao se tako da je Britanija 1803. ponovo objavila rat Francuskoj i nastavila podržavati francuske rojaliste. Napoleon na carskom tronu, Žan Ingres, 1806
U januaru 1804. Napoleonova policija je otkrila i sprečila pokušaj atentata na Napoleona. Atentat je bio sponzorisan od strane Burbona. Kao odmazdu Napoleon je poslao žandare da uhapse vojvodu Engjena u Badenu. Posle ubrzanoga tajnoga suđenja vojvoda je pogubljen 21. marta 1804. Pokazalo se da vojvoda nije bio povezan sa atentatom, ali Napoleon je iskoristio ceo incident da opravda ponovno uspostavljanje nasledne monarhije u Francuskoj sa njim kao carem. Teorija mu je bila da neće biti moguća Burbonska restoracija jednom kad se u ustavu nađe Bonaparta kao nasledna dinastija. Napoleon se krunisao 2. decembra 1804. u Bogorodičnoj katedrali (Notr Dam) u Parizu. Kada je papa blagoslovio kraljevske simbole i krunu, Napoleon je sam sebe krunisao, a zatim i svoju suprugu Žozefinu. U Milanskoj katedrali Napoleon je 26. maja 1805. krunisan krunom Lombardije kao kralj Italije.
